Для автоматического расчета смещения (на примере XML файла):
1. Вставьте ранее сконвертированные (например из EPSG:3857-НСПД в МСК) координаты в левое поле на главном экране.
2. Вставьте фактические (из XML файла) координаты в правое поле.
3. Нажмите кнопку "Рассчитать по данным".
Важно: порядок точек в обоих списках должен совпадать.

Настройки смещения в этом окне применяются только к Целевым координатам (в МСК) (правое поле).